1926年的纽约，麻鸡对魔法师的抵制达到顶峰，玛丽露领导的反魔法组织活动频繁。魔法动物学家纽特·斯卡曼德带着装有神奇动物的皮箱抵达纽约，却因意外与麻鸡雅各布错换箱子，导致嗅嗅、鸟蛇、毒角兽等魔法生物逃逸街头。前傲罗蒂娜·戈德斯坦恩将纽特带到魔法国会，三人与蒂娜的妹妹奎妮一起踏上寻回神奇动物的旅程。途中他们发现，真正威胁纽约的并非走失的动物，而是一股名为“默默然”的黑暗力量，寄宿在受压抑的巫师少年克雷登斯体内。克雷登斯被玛丽露收养却遭虐待，其真实身份与魔法国会高层帕西瓦尔·格雷夫斯的阴谋紧密相连。纽特最终用真诚与勇气制服默默然，揭露格雷夫斯实为黑巫师格林德沃伪装。雅各布在雨中告别魔法世界，而纽特则踏上新的旅程，继续撰写他的《神奇动物在哪里》。