《钢之炼金术师 FA》讲述爱德华与阿尔冯斯兄弟因思念亡母，触犯炼金术最大禁忌进行人体炼成，结果哥哥失去肢体，弟弟失去整个身体，灵魂被固定在一副铠甲中。为恢复原状，兄弟俩踏上寻找贤者之石的旅途。途中他们结识众多伙伴，也遭遇人造人集团的阻挠。随着调查深入，他们发现贤者之石的真相竟是以活人生命为代价，而国家军方高层更隐藏着惊天阴谋。爱德华与阿尔冯斯在一次次战斗中成长，逐渐明白等价交换并非世界全部真理。最终兄弟俩与同伴联手，对抗人造人与幕后黑手，以勇气和信念打破命运枷锁，找回失去的身体与未来。