《魔法科高校的劣等生第三季》延续前作设定，故事发生在魔法作为现实技术确立约一世纪后的世界。国立魔法大学附属第一高校，通称“第一高校”，迎来了司波达也与司波深雪这对兄妹。哥哥达也作为魔法师抱有致命缺陷，被贴上“劣等生”的标签；妹妹深雪则是成绩优异的“优等生”。第三季围绕两人在校园与外界舞台上的经历展开，进一步揭示达也隐藏的实力与围绕魔法技能、家族背景的复杂纷争。本季延续系列一贯的魔法战斗与校园群像风格，达也继续以冷静姿态应对来自各方的挑战与阴谋，深雪与同伴们的羁绊也在事件中不断加深，呈现更加激烈的魔法对战与剧情推进。