《国土安全》第六季于2017年播出，故事从德国转回美国纽约。中情局女特工卡莉·麦迪逊在柏林挫败恐怖袭击后，带着女儿定居布鲁克林，在一家法律援助机构工作，致力于保护当地穆斯林的公民权利。与此同时，美国大选刚刚结束，新当选的女总统伊丽莎白·基恩将在八周后入主白宫。她作风强硬，且因儿子在伊拉克服役时阵亡而对情报部门心存芥蒂。中情局高层索尔·贝伦森与阿德尔在权力交接的真空期各怀心思，阿德尔暗中推进针对伊朗的黑客计划，试图在新总统上任前保住中情局在中东的情报优势。曾在柏林沙林毒气事件中濒死的彼得·奎因，左侧身体近乎偏瘫，在退伍军人医院艰难康复，精神也饱受创伤。卡莉每天前去探望，却被院方以病人情绪激动为由暂停。不久后奎因突然失踪，令卡莉愤怒又焦虑。卡莉接手了一桩备受关注的案件：非洲裔青年塞古·巴赫因在网上发布同情恐怖组织的视频、翻译极端宣传手册，并持有前往尼日利亚的机票，被联邦调查局以支持恐怖主义罪名逮捕。卡莉怀疑他是被诱捕的受害者，试图将他的行为归入言论自由范畴，为他免去牢狱之灾。本季剧情与现实中的美国总统选举同步，从选举日到新总统就职，共72天。权力交接期的混乱与利益冲突交织，美国陷入一种怪异的“群龙无首”状态，卡莉也再次被卷入反恐与政治博弈的漩涡之中。