《星球大战：克隆人战争》第五季延续史诗级动画叙事，将银河系战火推向新高潮。摩尔收萨瓦奇为徒后，二人企图组建军队，试图雇佣杭多·奥纳卡的海盗，却遭到欧比旺·克诺比与阿迪·加利亚的强力阻拦，一场围绕势力争夺的暗战就此展开。与此同时，阿索卡·塔诺被诬陷为绝地圣殿爆炸案主谋，被迫逃亡以证清白。在追寻真相的过程中，她逐渐看清绝地委员会与共和国体制的局限，最终做出离开绝地武士团的重大决定，成为本季最令人心碎的情感主线。本季还包含曼达洛内战、达斯·摩尔复仇等多条支线，动作场面与政治阴谋并重，深刻刻画了战争对每位角色命运的影响，是系列中口碑极高的篇章。