《大木偶学院》将故事舞台设定在一座与世隔绝的孤岛学园，这里聚集了大量被社会抛弃的麻烦学生。转校生穗村伊月怀揣着不安踏入校门，很快被神秘的法语社团吸引——那是研究法国残酷戏剧“Grand Guignol”的研究会。Grand Guignol以血腥、恐怖和自然主义表演闻名，研究会成员们日复一日排练着令人毛骨悚然的剧目。研究会中，每位成员都带着不可告人的过去：有人沉默寡言却对道具刀剑异常执着，有人表面开朗却总在深夜独自徘徊。管理他们的教师看似温和，实则掌控着整个社团的黑暗规则；厨师长用美食维系着脆弱的平衡；而那位神秘的新任教师，似乎与学园隐藏的往事有着千丝万缕的联系。随着排练逐渐深入，舞台上的恐怖情节开始侵入现实。先是道具无故染血，接着有成员在表演中真实受伤，甚至有人离奇失踪。伊月发现，研究会并非单纯的艺术社团，而是一场精心策划的复仇与救赎仪式。孤岛学园本身就是一座巨大的舞台，每个人都在扮演着被指定的角色。当残酷戏剧的帷幕真正拉开，伊月必须在血腥的表演中找出真相。否则，所有参与者都将成为这场永不落幕的恐怖戏剧的牺牲品，而孤岛学园的秘密也将永远沉入黑暗。