小智从真新镇出发，梦想成为顶级宝可梦训练师。因迟到错过初始宝可梦，大木博士将一只性格倔强、拒绝进入精灵球的皮卡丘交给他。皮卡丘起初完全不听从指令，甚至屡次电击小智，让旅程充满麻烦。然而在与烈雀群的危机中，小智不顾自身安危保护皮卡丘，这份真诚终于打动了它，两人从此建立起牢不可破的羁绊。随后小智与皮卡丘踏上旅途，结识了伙伴，也遇见了传说中的凤王。凤王留下羽毛，小智立下与它再会之约。影片围绕小智与皮卡丘的相遇、磨合与相互信任展开，展现了训练师与宝可梦之间真挚的情感。作为宝可梦系列二十周年纪念作品，本片重现了经典起源故事，同时加入全新情感刻画，让观众重温最初的感动。