《魔法少女奈叶》讲述平凡的小学三年生高町奈叶，为帮助收集圣石之种而成为魔法少女。在圣石之种事件中，她与菲特相遇并成为朋友；在暗之书事件中，又与八神疾风结下深厚友谊。随着时间推移，奈叶成长为时空管理局魔导师、总局航空教导队教导官兼一等空尉。在StrikerS中，她意识到自己内心真实的心意，救下了心中最爱之人高町薇薇欧，并对外收养其作为女儿。作品以魔法与友情为主线，展现奈叶从普通少女到优秀魔导师的成长历程，以及她与伙伴们共同面对困难、守护彼此的感人故事。